里面规定没干满三个月扣一千元，这样合法吗？

不合法。依据《劳动法》，用人单位不得非法克扣劳动者工资，此规定违反法律法规。若不及时处理，可能导致劳动者权益受损，引发劳动争议。
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常见处理方式为协商或投诉。可先与用人单位协商，协商无果可向劳动监察部门投诉，以维护自身合法权益。
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不合法。处理方式：1.与用人单位沟通，表达不满并要求修改合同条款；2.若沟通无果，收集证据，如合同、工资单等；3.向当地劳动监察大队投诉，请求介入调查并处理；4.必要时，可寻求律师帮助，提起诉讼维护权益。